Zend_Mail non esegue alcun controllo sulla correttezza dei set di caratteri delle parti dell'e-mail. Quando si crea un'istanza di Zend_Mail è possibile specificare un set di caratteri per l'e-mail. Il valore predefinito è iso-8859-1. L'applicazione deve verificare che tutte le parti aggiunte all'oggetto e-mail siano codificate nel set di caratteri corretto. In fase di creazione di una nuova parte dell'e-mail è possibile indicare un set di caratteri differente per ogni parte. Il set di caratteri è applicabile esclusivamente alle parti del messaggio in formato testuale.