Zend_Mail לא בודק אוטומטית את הקידוד הנכון לאיימיל. באותו רגע שהאובייקט של המחלקה של Zend_Mail נוצר, ניתן להעביר כפרמטר את הקידוד הרצוי. הברירת מחדל הינה iso-8859-1. המערכת שהינה כותב חייבת לבדוק שכל החלקים שנוספים לאובייקט של המחלקה מקודדים בקידוד המתאים. ברגע שיוצרים חלק נוסף לצירוף לאובייקט האימייל ניתן לשנות את הקידוד שלו, ועל ידי כך ניתן לקבוע קידוד שונה לכל חלק באימייל. קידודים ניתן להגדיר רק לחלקים באימייל אשר נשלחים בפורמט טקסט.