אינדקס סוגי הקבצים של Zend_Search_Lucene תומכים בסוג בינארי עם Java Lucene גרסא 1.4 ומעלה. הסבר מלא אודות פורמט זה ניתן לקרוא כאן: הגרסא הנתמכת הנוכחית בפורמט אינדקס קבצים היא 2.3 החל מ Zend Framework 1.6.. לאחר יצירת האינדקס, תיקית האינדקס תכיל כמה דברים: קובץ ה segments היא רשימת החלקים של האינדקס. קבצי ה *.cfs מכילים חלקי אינדקס. הערה! אינדקס אשר כתוב כמו שצריך תמיד יכיל חלק אחד. הקובץ deletable מכיל רשימה של קבצים שכבר לא משומשים על ידי האינדקס, אבל לא ניתן למחוק אותם. תוכנת ה Java המוצגת למעלה מדגימה כיצד לאנדקס קובץ בעזרת Java Lucene: