Indexový súbor Zend_Search_Lucene je binárne kompatibilný s verziou Lucene 1.4 a vyššou. Detailný popis formátu je k dispozícii na stránke projektu Lucene Aktuálne podporovaná verzia indexového súboru je v2.0. Po vytvorení indexu obsahuje adresár niekoľko súborov: segments je súbor, ktorý obsahuje zoznam segmentov indexu. *.cfs súbory ktoré obsahujú segmenty indexu. Optimalizovaný index vždy obsahuje iba jeden segment! deletable súbor ktorý obsahuje zoznam súborov ktoré sa už nepoužívajú indexom, ale nemohli byť zmazané. Nasledujúci Java kód poskytuje príklad ako indexovať súbor s použitím Java Lucene: